Farmakogenetyka - dobór spersonalizowanej celowanej terapii
Materiał do badań
Materiałem biologicznym do badań molekularnych może być szpik lub krew pobrane na EDTA (heparyna ma właściwości inhibitujące reakcję PCR). W wybranych przypadkach materiałem do badań może być preparat cytologiczny, preparat guza lub bloczek parafinowy. Zabezpieczony materiał, w warunkach 2°C-8°C, powinien być w ciągu 24h dostarczony do laboratorium.
Wykonywanie badań z krwi obwodowej u pacjentów, którzy w ciągu ostatnich 3 tygodni mieli podawane preparaty krwiopochodne, jest niewskazane.
Mutacja V600E/K/R/D/M/G w genie BRAF
Najczęściej występującą mutacją w genie kodującym BRAF jest mutacja V600E (74-90%) oraz mutacja V600K (19-26%). Mutacja V600E polega na substytucji waliny przez kwas glutaminowy prowadząc do zwiększenia aktywności kinazy oraz proliferacji komórki. Mutacja w genie BRAF występuje w około 2/3 przypadków czerniaka złośliwego, w każdym badanym przypadku białaczki włochatokomórkowej, w chłoniakach limfoblastycznych, raku tarczycy, niedrobnokomórkowym raku płuc oraz w raku jelita grubego, gdzie obecność mutacji KRAS i obecność mutacji BRAF wzajemnie się wykluczają. Czerniaki ze zmutowanym białkiem BRAF (mutacja V600E) odznaczają się specyficznym obrazem kliniczno-patologicznym (młodszy wiek chorego w momencie zachorowania, ognisko chorobowe zlokalizowane na skórze tułowia chorego, większa liczba znamion barwnikowych skóry). Badanie to jest dedykowane głównie dla chorych na czerniaka złośliwego w celu określenia wrażliwości komórek nowotworowych na leczenie celowane molekularnie. Wykrycie mutacji BRAF pozwala określić odpowiedź chorego na leczenie Zelborafem (Wemurafenibem), który wybiórczo hamuje onkogenną kinazę BRAFV600, odpowiadającą za wzmożoną, niekontrolowaną proliferację komórek zmienionych nowotworowo. Test pozwala na wykrycie 5 najczęściej występujących mutacji w kodonie 600 genu BRAF.
Materiał do badań: preparat cytologiczny, preparat guza, bloczek parafinowy, krew obwodowa
Mutacje w genie KRAS
Mutacje w genie KRAS prowadzą do utraty aktywności GTPazy, co skutkuje aktywacją kaskady przekazywania sygnału RAS/RAF. Mutacje te wykrywa się w 35% do 42% chorych na raka jelita grubego. Mutacje w genie KRAS podobnie jak mutacja BRAF V600E związane są z opornością na leczenie.
Stan mutacji KRAS w guzie uznaje się obecnie za czynnik predykcyjny oporności na leczenie przeciwciałami anty-EGFR w raku jelita grubego. Test pozwala na wykrycie 7 najczęściej występujących mutacji w kodonach 12 i 13 genu KRAS.Materiał do badań: preparat cytologiczny, preparat guza, bloczek parafinowy, krew obwodowa
Mutacje w genie NRAS
Protoonkogen NRAS należy do rodziny genów Ras, Mutacje w genie NRAS podobnie jak KRAS prowadzą do utraty aktywności GTPazy, co skutkuje aktywacją kaskady przekazywania sygnału RAS/RAF. Mutacje w genie NRAS wykrywa się w wielu nowotworach, między innymi u chorych na raka jelita grubego, czerniaka, Mutacje NRAS w guzie uznaje się obecnie za czynnik predykcyjny oporności na leczenie przeciwciałami anty-EGFR w raku jelita grubego. Test pozwala na wykrycie 17 najczęściej występujących mutacji w kodonach 12 (G12S, G12C, G12A, G12D i G12V), 13 (G13R, G13D i G13V), 59 (A59T, A59D), 61 (Q61H, Q61K, Q91L i Q61R) oraz 146 (Q146T) i 117 (K117N i K117R) genu NRAS.
Materiał do badań: preparat cytologiczny, preparat guza, bloczek parafinowy, krew obwodowa
Mutacje w genie EGFR
EGFR (Epidermal growth factor receptor) jest białkiem błonowym uczestniczącym w regulacji proliferacji komórek. Nadekspresja EGRF oraz mutacje aktywujące kinazę tyrozynową EGFR pobudzają rozplem komórek guza, hamują apoptozę oraz nasilają angiogenezę i zdolność do tworzenia przerzutów. Mutacje w genie EGFR związane są z odpowiedzią na terapię celowaną inhibitorami kinazy EGFR: erlotynib (Tarceva) i gefitynib (Iressa). Badanie to jest dedykowane głównie dla chorych na niedrobnokomórkowego raka płuca w celu określenia wrażliwości komórek nowotworowych na leczenie celowane molekularnie. Test pozwala na wykrycie 30 najczęściej występujących mutacji w egzonach 18, 19, 20 i 21 genu EGFR.
Materiał do badań: preparat cytologiczny, preparat guza, bloczek parafinowy, krew obwodowa
Analiza mutacji i polimorfizmów w domenie kinazy BCR/ABL1
Wykrycie określonych mutacji i polimorfizmów w domenie kinazy tyrozynowej BCR/ABL1 (zgodnie z wytycznymi European Leukemia Net recommendations for the management of chronic myeloid leukemia: 2013) pozwala na określenie lekooporności na aktualnie stosowane w leczeniu przewlekłej białaczki szpikowej (CML) inhibitory kinazy tyrozynowej: imatinib, nilotinib, dasatinib, bosutinib i ponatinib.
Materiał do badań: krew lub szpik kostny pobrane na EDTA
Hemochromatoza – mutacje genu HFE (C282Y, H63D i S65C)
Hemochromatoza jest wrodzoną chorobą objawiającą się zaburzeniem metabolizmu żelaza. Jest chorobą dziedziczoną autosomalnie recesywnie, a występuje u około 1:300-350 osób w populacji północnoeuropejskiej. Na skutek nadmiernego wchłaniania żelaza z przewodu pokarmowego dochodzi do przeciążenia organizmu żelazem, a w konsekwencji do uszkodzenia serca (kardiomiopatia), wątroby (marskość, zwiększone ryzyko rozwoju pierwotnego raka wątrobowokomórkowego), trzustki i stawów. Pierwsze objawy choroby to osłabienie i przewlekłe zmęczenie oraz bóle stawów i brzucha. Kolejno dochodzi do rozwoju niewydolności wątroby, cukrzycy, pojawiają się zaburzenia rytmu serca i stopniowo postępujące szarobrązowe zabarwienie skóry. Najczęstszą przyczyną hemochromatozy są dwie mutacje w genie HFE : C282Y i H63D. Większość pacjentów (64-95% przypadków) wykazuje homozygotyczną mutację C282Y. Rzadziej obserwuje się homo- czy heterozygotyczne mutacje C282Y, H63D i S65C.
Materiał do badań: krew pobrana na EDTA
Oznaczanie allelu HLA B*5701
Reakcja nadwrażliwości na abakawir jest silnie powiązana z występowaniem allelu HLA B*5701. Szacuje się, że częstość występowania allelu HLA B*5701 wśród osób zakażonych HIV w Polsce wynosi około 4 – 5%. Wprowadzenie oznaczania HLA B*5701 pozwoliło na znaczące obniżenie częstości reakcji nadwrażliwości po włączeniu leczenia abakawirem u pacjentów zakażonych wirusem HIV. W rekomendacjach BHIVA (British HIV Association) oraz Polskiego Towarzystwa Naukowego AIDS test na oznaczenie allelu HLA B*5701 jest zalecany u pacjentów-kandydatów do leczenia abakawirem.
Materiał do badań: krew pobrana na EDTA, wymaz z policzka