Badania Cytogenetyczne w schorzeniach nowotworowych
Badania cytogenetyczne służą do wykrywania aberracji chromosomowych. W naszej pracowni oceniamy kariotyp u pacjentów z podejrzeniem lub rozpoznaniem schorzeń hematoonkologicznych metodą cytogenetyki klasycznej. Przeprowadzamy również badania techniką FISH, które są ważnym uzupełnieniem badania kariotypu.
Materiał do badań cytogenetycznych
Rekomendowanym materiałem biologicznym do wykonywania badań cytogenetycznych jest szpik kostny pobrany na heparynę w warunkach jałowych, w objętości 5-10ml. Zabezpieczony materiał, w warunkach 2°C-8°C, powinien być jak najszybciej dostarczony do laboratorium. Jedynie w przypadku CLL pobranym materiałem może być krew. Wykonywanie badań u pacjentów, którzy w ciągu ostatnich 3 tygodni mieli podawane preparaty krwiopochodne jest niewskazane. W przypadku MDS jedynym rekomendowanym materiałem jest szpik kostny, ze względu na występującą leukopenię obwodową w przebiegu MDS. W przypadku podejrzenia i/lub rozpoznania neuroblastoma (zwojaka zarodkowego) materiałem do badania amplifikacji genu MYC-N jest fragment guza (zawieszony w soli fizjologicznej) i/lub szpik (pobrany na heparynę). Rekomendowanym materiałem do badania w kierunku delecji chromosomu pary 1 (del(1)(p36)) jest fragment guza (zawieszony w soli fizjologicznej).Kariotyp metodą GTG przy rozdzielczości 550 prążków
Analiza kariotypu polega na wybarwieniu techniką GTG uzyskanych chromosomów metafazalnych z hodowli in vitro, a następnie na ich analizie mikroskopowej mającej na celu wykrycie ewentualnych aberracji liczbowych i strukturalnych zgodnie z ISCN 2016 (International System for Human Cytogenetic Nomenclature). Większość nowotworów hematologicznych charakteryzuje się występowaniem zmian w kariotypie o uznanym znaczeniu rokowniczym i prognostycznym.
Test niestabilności chromosomowej
Niestabilność chromosomowa jest zjawiskiem występowania zwiększonej liczby złamań chromosomów, aberracji strukturalnych i/lub liczbowych w komórce. Występuje w niektórych zespołach chorobowych np. ataxia teleangiectasia, anemia Fanconiego. Poziom niestabilności chromosomowej można określić wykorzystując test z Mitomycyną C lub DEB porównując liczbę złamań i innych uszkodzeń chromosomów w komórkach somatycznych grupy badanej w porównaniu z grupą komórek kontrolnych.
Materiał do badań: krew obwodowa
t(9;22) BCR/ABL1
Translokacja t(9;22) pomiędzy chromosomami 9 i 22 powoduje powstanie genu fuzyjnego BCR/ABL1. Aberracja ta spotykana jest najczęściej w przewlekłej białaczce szpikowej (ang. CML- chronic myeloid leukemia), jak również w ostrej białaczce limfoblastycznej (ang. ALL- acute lymphoblastic leukemia). Badanie techniką FISH z sondą wykrywającą translokację t(9;22) pozwala na potwierdzenie rozpoznania CML, a w przypadku ALL- gdzie jest czynnikiem złego rokowania, przypisuje pacjentowi grupę wysokiego ryzyka, co wiąże się z innym postępowaniem klinicznym.t(12;21) ETV6/RUNX1 (wcześniej TEL/AML1)
Translokacja t(12;21) z fuzją genów ETV6 i RUNX1 (kiedyś nazywanych: TEL/AML1) jest aberracją niewykrywalną za pomocą klasycznego kariotypowania techniką GTG. Jest to częsta aberracja występująca w około 25% przypadków ostrej białaczki limfoblastycznej i jako pojedyncza zmiana w kariotypie ma korzystne rokowanie.
KMT2A (wcześniej MLL) (11q23)
Gen KMT2A (wcześniej MLL) (ang. myeloid-lymphoid leukemia) zlokalizowany w regionie 11q23 bierze udział w wielu rearanżacjach chromosomowych (translokacje, insercje, delecje) występujących w około 20% ostrych białaczek, zarówno z linii mieloidalnej jak i linii limfoidalnej. Białaczki z aberracjami w obrębie genu KMT2A (wcześniej MLL) mają złe rokowanie. Sonda KMT2A (wcześniej MLL) typu „break” wykrywa translokacje z zaangażowaniem genu KMT2A (wcześniej MLL).t(4;11) KMT2A/AFF1 (wcześniej MLL/AF4)
Sonda wykrywa translokację KMT2A/AFF1 (wcześniej MLL/AF4), która jest najczęściej obserwowaną translokacją w ostrej białaczce limfoblastycznej, występującą w około 66% przypadków. Wystąpienie tej translokacji związane jest z wysokim ryzykiem niepowodzenia leczenia.
CDKN2A (wcześniej P16) (9p21/9q21)
Sonda wykrywająca delecję w obrębie regionu 9p21, która jest częstą aberracją w wielu nowotworach, w tym ALL.
t(1;19) TCF3/PBX1
Sonda pozwala na wykrycie rearanżacji z udziałem genu TCF3 leżącego w regionie 19p13.3. Rearanżacje z udziałem tego genu są charakterystyczną aberracją występującą w B-ALL.
NUP98 (11p15)
Rearanżacje genu nukleoporyny (NUP98) występują w wielu nowotworach hematologicznych, w tym w AML, w ALL, w kryzie blastycznej CML, w MDS oraz w ostrych białaczkach bifenotypowych i o mieszanym fenotypie. Do tej pory zidentyfikowano 28 genów partnerskich uczestniczących w rearanżacji z genem NUP98. Aberracja ta wiąże się ze złą odpowiedzią na leczenie oraz złym rokowaniem.t(11;19) KMT2A/MLLT1 (wcześniej MLL/MLLT1)
Sonda KMT2A/MLLT1 (wcześniej MLL/MLLT1) wykrywa translokację obejmującą geny KMT2A i MLLT1 zlokalizowane odpowiednio w regionach 11q23 i 19p13. Translokacja ta występuje w około 10% przypadków ostrej białaczki szpikowej (AML) i ostrej białaczki limfoblastycznej (ALL). U pacjentów z AML translokacja KTM2A/MLLT1 wiąże się ze złym rokowaniem, natomiast u dzieci z ALL ma rokowanie korzystne.t(9;22) BCR/ABL1
Translokacja t(9;22) pomiędzy chromosomami 9 i 22 powoduje powstanie genu fuzyjnego BCR/ABL1. Aberracja ta spotykana jest najczęściej w przewlekłej białaczce szpikowej (ang. CML- chronic myeloid leukemia), jak również w ostrej białaczce limfoblastycznej (ang. ALL- acute lymphoblastic leukemia). Badanie techniką FISH z sondą wykrywającą translokację t(9;22) pozwala na potwierdzenie rozpoznania CML, a w przypadku ALL- gdzie jest czynnikiem złego rokowania, przypisuje pacjentowi grupę wysokiego ryzyka, co wiąże się z innym postępowaniem klinicznym.KMT2A (wcześniej MLL) (11q23)
Gen KMT2A (wcześniej MLL) (ang. myeloid-lymphoid leukemia) zlokalizowany w regionie 11q23 bierze udział w wielu rearanżacjach chromosomowych (translokacje, insercje, delecje) występujących w około 20% ostrych białaczek, zarówno z linii mieloidalnej jak i linii limfoidalnej. Białaczki z aberracjami w obrębie genu KMT2A (wcześniej MLL) mają złe rokowanie. Sonda KMT2A (wcześniej MLL) typu „break” wykrywa translokacje z zaangażowaniem genu KMT2A (wcześniej MLL).t(15;17) PML/RARA
Translokacja t(15;17) genu PML na chromosomie 15 z genem receptora kwasu retinowego (RARA) na chromosomie 17 powoduje powstanie genu fuzyjnego PML/RARA. Produktem powstałego genu jest białko PML/RARA, które hamuje różnicowanie komórek mieloidalnych, co prowadzi do gromadzenia nieprawidłowych promielocytów w szpiku kostnym. Aberracja ta jest charakterystyczna dla ostrej białaczki szpikowej promielocytowej (M3 wg klasyfikacji FAB) i wiąże się z dobrym rokowaniem.
t(8;21) RUNX1/RUNX1T1 (wcześniej AML1/ETO)
Translokacja t(8;21) prowadzi do fuzji genu RUNX1T1 znajdującego się na chromosomie 8 z genem RUNX1 na chromosomie 21, co skutkuje wytworzeniem białka RUNX1/RUNX1T1 (wcześniej AML1/ETO), które uniemożliwia regulację procesu transkrypcji w trakcie hematopoezy. Translokacja t(8;21)(q22;q22) jest najczęściej występującą aberracją w ostrej białaczce szpikowej (ang. AML-acute myeloid leukemia), w szczególności w ostrej białaczce szpikowej M2 (wg klasyfikacji FAB). Translokacja ta wskazuje na dobre rokowanie.
t(16;16); inv(16) CBFB/MYH11
Inwersja lub translokacja w obrębie chromosomu pary 16 wiąże się z powstaniem białka fuzyjnego CBF-/MYH11. Jako pojedyncza zmiana w kariotypie jest czynnikiem dobrego rokowania, natomiast w przypadku występowania powyżej 3 aberracji w kariotypie wiąże się ze złym rokowaniem. Inv(16) jest zmianą trudną do wykrycia w trakcie standardowego badania kariotypu, zaleca się wykrywanie aberracji badaniem techniką FISH.
t(6;9) DEK/NUP214
Translokacja t(6;9) powoduje fuzję genów DEK i NUP214 (kiedyś nazywanego CAN), występuje w ostrej białaczce szpikowej (około 4% wszystkich pacjentów z AML) i wiąże się z bardzo złą prognozą. Wykrycie tej aberracji za pomocą techniki FISH lub w klasycznym badaniu kariotypu stanowi wskazanie do szybkiej kwalifikacji chorego do transplantacji szpiku kostnego.
t(9;11) KMT2A/MLLT3 (wcześniej MLL/MLLT3)
Sonda KMT2A/MLLT3 wykrywa translokację w genach KMT2A i MLLT3 zlokalizowanych odpowiednio w regionach 11q23 i 9p21. Obecność tej translokacji u dzieci chorych z ostrą białaczką szpikową (AML) zwiększa wrażliwość na chemioterapię w stosunku do innych rearanżacji w genie KMT2A.
t(6;11) KMT2A/AFDN (wcześniej MLL/MLLT4)
Sonda KMT2A/AFDN wykrywa translokację obejmującą geny KMT2A i AFDN zlokalizowane odpowiednio w regionach 11q23 i 6q27. Translokacja ta występuje u chorych z ostrą białaczką szpikową (AML) i, niezależnie od wieku chorego i fenotypu białaczki, niesie ze sobą złe rokowanie.DLEU1 (wcześniej DLEU) (13q14/13qter)
Delecja w obrębie długiego ramienia chromosomu pary 13 jest aberracją chromosomową charakterystyczną nie tylko dla przewlekłej białaczki limfatycznej, ale występuje też w innych typach nowotworów jak szpiczak plazmocytowy, rak prostaty, nowotwory głowy, szyi i płuc. Delecji może ulec tylko region 13q14 z genem DLEU1 lub całe ramię długie.
GLI1 (wcześniej GLI) (12q13/SE12)
Sonda wykrywa gen GLI1 (wcześniej GLI) lub wskazuje na jego delecję na chromosomie 12q13. Sonda ta służy też do identyfikacji trisomii chromosomu pary 12 u chorych na przewlekłą białaczkę limfatyczną. Badanie tą sondą umożliwia również wykrycie amplifikacji genu GLI1 (wcześniej GLI), co wiąże się z pośrednim rokowaniem.
ATM (11q22/SE11)
Delecja genu ATM zlokalizowanego na chromosomie 11q22 występuje u około 15-20% chorych na przewlekłą białaczkę limfatyczną i wiąże się z agresywnym przebiegiem choroby oraz złym rokowaniem. Delecja tego genu jest spotykana również jako wtórna aberracja cytogenetyczna u chorych na chłoniaka z komórek płaszcza.
TP53 (wcześniej p53) (17p13/SE17)
Gen supresorowy TP53 (wcześniej p53) zwany „strażnikiem genomu” jest zaangażowany w kontrolę proliferacji, różnicowania i apoptozy. Delecja tego genu często wykrywana jest w przewlekłej białaczce limfatycznej (ang. CLL-chronic Lymphocytic Leukemia), szpiczaku plazmocytowym, i wiąże się ze złym rokowaniem.
SE12 (chromosom 12 centromer)
Trisomia chromosomu pary 12 jest najczęstszą liczbową aberracją chromosomową u pacjentów z przewlekłą białaczką limfatyczną. Występuje w około 16% przypadków i wiąże się z pośrednim rokowaniem.MYB (6q23)
Sonda wykrywa delecję w długim ramieniu chromosomu pary 6, która jest częstą aberracją w nowotworach hematologicznych z linii limfoidalnej. Delecja ta wiąże się ze złym rokowaniem.
SEC63 (6q21)
Delecja w długim ramieniu chromosomu pary 6 jest częstą aberracją występującą w rozrostach limfoproliferacyjnych, w tym w CLL. Wystąpienie tej aberracji wiąże się ze złym rokowaniem.
t(9;22) BCR/ABL1
Translokacja t(9;22) pomiędzy chromosomami 9 i 22 powoduje powstanie genu fuzyjnego BCR/ABL1. Aberracja ta spotykana jest najczęściej w przewlekłej białaczce szpikowej (ang. CML- chronic myeloid leukemia), jak również w ostrej białaczce limfoblastycznej (ang. ALL- acute lymphoblastic leukemia). Badanie techniką FISH z sondą wykrywającą translokację t(9;22) pozwala na potwierdzenie rozpoznania CML, a w przypadku ALL- gdzie jest czynnikiem złego rokowania, przypisuje pacjentowi grupę wysokiego ryzyka, co wiąże się z innym postępowaniem klinicznym.5q (5q31;5q33)/TERT
Delecja chromosomu pary 5 lub monosomia chromosomu 5 jest częstą aberracją występującą w zespole mielodysplastycznym (MDS) i ostrej białaczce szpikowej. Delecja w długim ramieniu chromosomu 5 może wystąpić jako pojedyncza zmiana w kariotypie (tzw. zespół 5q-) wykazując korzystne rokowanie, natomiast w kariotypie złożonym, w którym występują więcej niż 3 zmiany chromosomowe rokowanie zmienia się na niekorzystne. Sonda wykorzystywana w technice FISH wykrywa delecje dwóch regionów na ramieniu q chromosomu 5: CSF1R i RPS14 (5q33) oraz CDC25C i EGR1 (5q31).7q (7q22;7q36)/SE7
Monosomia lub delecja długiego ramienia chromosomu pary 7 jest niekorzystną rokowniczo zmianą cytogenetyczną występującą w zespole mielodysplastycznym i ostrej białaczce szpikowej. Delecja najczęściej obejmuje region 7q22 z genem CUTL1.
20q (20q12/20q11) (PTPRT/MAPRE1)
Sonda wykrywa delecję krytycznego regionu w obrębie długiego ramienia chromosomu pary 20. Jest to aberracja często spotykana w nowotworach mieloproliferacyjnych, MDS oraz AML.
t(3;3); inv(3) MECOM (wcześniej EVI)
Inwersja lub translokacja dotycząca regionu 3q26 powoduje powstanie genu fuzyjnego EVI1 i RPN1. Aberracja ta wykrywana jest w zespole mielodysplastycznym oraz ostrej białaczce szpikowej i wiąże się ze złym rokowaniem.SE8 (chromosom 8 centromer)
Trisomia chromosomu pary 8 jest znaną aberracją chromosomową charakterystyczną dla zespołu mielodysplastycznego, ostrej białaczki szpikowej, gdzie ma pośrednie znaczenie rokownicze. Występuje też jako wtórna zmiana chromosomowa w przewlekłej białaczce szpikowej (około 30% przypadków) i świadczy wtedy o zaostrzeniu przebiegu choroby.t(9;22) BCR/ABL1
Translokacja t(9;22) pomiędzy chromosomami 9 i 22 powoduje powstanie genu fuzyjnego BCR/ABL1. Aberracja ta spotykana jest najczęściej w przewlekłej białaczce szpikowej (ang. CML- chronic myeloid leukemia), jak również w ostrej białaczce limfoblastycznej (ang. ALL- acute lymphoblastic leukemia). Badanie techniką FISH z sondą wykrywającą translokację t(9;22) pozwala na potwierdzenie rozpoznania CML, a w przypadku ALL- gdzie jest czynnikiem złego rokowania, przypisuje pacjentowi grupę wysokiego ryzyka, co wiąże się z innym postępowaniem klinicznym.JAK2 (9p24)
Mutacje oraz translokacje z udziałem genu JAK2 są często obserwowane w nowotworach mieloproliferacyjnych. Sonda służy do wykrywania translokacji z udziałem genu JAK2.PDGFRB (5q32)
Sonda umożliwia wykrycie rearanżacji z udziałem genu PDGFRB w regionie 5q32, z których najczęstsza to translokacja ETV6-PDGFRB. Translokacje z udziałem genu PDGFRB są obserwowane m.in w przewlekłych nowotworach mieloproliferacyjnych.FIP1L1/CHIC2/PDGFRA (4q12)
Fuzja genów FIP1L1 i PDGFRA powoduje rozwój idiopatycznej hipereozynofilii oraz przewlekłej białaczki eozynofilowej. Sonda pozwala na wykrycie fuzji genów FIP1L1 i PDGFRA z równoczesną delecją genu CHIC2.
t(4;14) FGFR3/IGH
Translokacja t(4;14) powodująca fuzję genów FGFR3 i IGH jest zmianą cytogenetyczną niewykrywalną w konwencjonalnym badaniu kariotypu techniką GTG. Translokacja ta ma złe znaczenie rokownicze u chorych ze szpiczakiem plazmocytowym.t(11;14) MYEOV/IGH
Translokacja t(11;14) z fuzją genów MYEOV i IGH jest najczęściej występującą aberracją chromosomową w szpiczaku plazmocytowym i jest związana z agresywnym przebiegiem choroby.t(14;16) MAF/IGH
Translokacja t(14;16) z fuzją genów MAF i IGH jest zmianą cytogenetyczną charakterystyczną dla szpiczaka plazmocytowego we wczesnym stadium rozwoju i najczęściej występuje u pacjentów z kariotypem niehiperdiploidalnym.IGH (14q32)
Aberracje chromosomowe z udziałem genu kodującego ciężki łańcuch immunoglobulin (IGH) występują u około 50% pacjentów z chłoniakami z linii B i wielu innych schorzeniach hematologicznych dotyczących linii limfoidalnej. Sonda wykrywa rearanżacje z udziałem genu IGH.
DLEU1 (wcześniej DLEU) (13q14/13qter)
Delecja w obrębie długiego ramienia chromosomu pary 13 jest aberracją chromosomową charakterystyczną nie tylko dla przewlekłej białaczki limfatycznej, ale występuje też w innych typach nowotworów jak szpiczak plazmocytowy, rak prostaty, nowotwory głowy, szyi i płuc. Delecji może ulec tylko region 13q14 z genem DLEU1 lub całe ramię długie.
TP53 (wcześniej p53) (17p13/SE17)
Gen supresorowy TP53 (wcześniej p53) zwany „strażnikiem genomu” jest zaangażowany w kontrolę proliferacji, różnicowania i apoptozy. Delecja tego genu często wykrywana jest w przewlekłej białaczce limfatycznej (ang. CLL-chronic Lymphocytic Leukemia), szpiczaku plazmocytowym, i wiąże się ze złym rokowaniem.
MYC (8q24)
Sonda pozwala na wykrycie rearanżacji oraz amplifikacji z udziałem genu MYC znajdującego się na chromosomie 8q24. Amplifikacja genu MYC (C-MYC) występuje w wielu nowotworach, w tym w raku piersi, płuc i przełyku. Sonda pozwala także wykrywać aberracje i punkty pęknięć w regione 8q24 w tym rearanżacje, które mogą występować w odmianie t(8;22)(q24.1;q11.2) i t(2;8)(p11.2;q24.1). Translokacje obejmujące region MYC mają znaczenie diagnostyczne i prognostyczne w nowotworach B-komórkowych.t(14;20) MAFB/IGH
Translokacja t(14;20) z fuzją genów IGH i MAFB (region 20q12) to stosunkowo rzadko występująca aberracja chromosomowa u pacjentów ze szpiczakiem plazmocytowym, aczkolwiek wiążąca się ze złym rokowaniem.1q21/CHd5 (1p36)
Sonda 1q21 / CHd5 (1p36) umożliwia jednoczesne wykrycie amplifikacji w regionie 1q21 oraz delecji krótkiego ramienia chromosomu pary 1 (1p). Aberracje te są opisywane w szpiczaku plazmocytowym i wiążą się ze złym rokowaniem.t(8;14) MYC/IGH
Translokacja t(8;14) powodująca fuzję genów MYC i IGH jest charakterystyczną aberracją chromosomową w chłoniakach Burkitta oraz w postaciach B-komórkowych chłoniaka limfoblastycznego. Jest związana z nadekspresją onkogenu C-MYC.
IGH (14q32)
Aberracje chromosomowe z udziałem genu kodującego ciężki łańcuch immunoglobulin (IGH) występują u około 50% pacjentów z chłoniakami z linii B i wielu innych schorzeniach hematologicznych dotyczących linii limfoidalnej. Sonda wykrywa rearanżacje z udziałem genu IGH.
t(11;14) CCND1/IGH (wcześniej BCL1/IGH)
Translokacja t(11;14) z fuzją genów CCND1 i IGH występuje w około 75% przypadków chłoniaka z komórek płaszcza i wiąże się z bardzo złym rokowaniem.
t(14;18) BCL2/IGH
Translokacja t(14;18) powoduje połączenie protoonkogenu BCL2 z genem IGH dla łańcucha ciężkiego immunoglobulin i jest bardzo częstą aberracją chromosomową w chłoniakach. Występuje w 85% przypadków chłoniaków grudkowych i w około 30% chłoniaków wielkokomórkowych rozlanych.
MALT1 (wcześniej MALT) (18q21)
Translokacje z udziałem genu MALT1 (wcześniej MALT) są charakterystyczne dla niskozróżnicowanych chłoniaków tzw. MALT (ang. mucosa associated lymphoid tissue). Sonda służy do wykrywania rearanżacji genu MALT1 (wcześniej MALT).
MYC (8q24)
Sonda pozwala na wykrycie rearanżacji oraz amplifikacji z udziałem genu MYC znajdującego się na chromosomie 8q24. Amplifikacja genu MYC (C-MYC) występuje w wielu nowotworach, w tym w raku piersi, płuc i przełyku. Sonda pozwala także wykrywać aberracje i punkty pęknięć w regione 8q24 w tym rearanżacje, które mogą występować w odmianie t(8;22)(q24.1;q11.2) i t(2;8)(p11.2;q24.1). Translokacje obejmujące region MYC mają znaczenie diagnostyczne i prognostyczne w nowotworach B-komórkowych.BCL2 (18q21)
Sonda pozwala na wykrycie rearanżacji z udziałem genu BCL2 znajdującego się na chromosomie 18q21, w tym translokacji t(14;18)(q32;q21). Translokacja ta z udziałem loci IgH i BCL2 obserwowana jest w około 80% przypadków chłoniaka grudkowego (follicular lymphoma) i w około 20% przypadków rozlanego chłoniaka z dużych komórek B (DLBCL).
BCL6 (3q27)
Translokacje chromosomowe obejmujące region 3q27 występują w postaciach chłoniaka nieziarniczego (NHL) B-komórkowego. Sonda pozwala na wykrycie punktów pęknięć w rejonie 3q27.
TRA/TRD (14q11)
Receptory limfocytów T (TCR) to glikoproteiny występujące na powierzchni tych komórek. W zależności od budowy wyróżniamy dwie fenotypowe podklasy tych receptorów : alfa/beta oraz gamma/delta. Geny kodujące łańcuchy alfa i delta receptora znajdują się u człowieka na chromosomie 14q11, zaś geny kodujące łańcuch beta na chromosomie 7q34, a gamma na chromosomie 7p15. Wykrycie w chorobach limfoproliferacyjnych klonalnej rearanżacji genów kodujących wspomniane łańcuchy potwierdza rozpoznanie choroby oraz pozwala na zastosowanie tego badania w monitorowaniu leczenia.
TRB (7q34)
Receptory limfocytów T (TCR) to glikoproteiny występujące na powierzchni tych komórek. W zależności od budowy wyróżniamy dwie fenotypowe podklasy tych receptorów : alfa/beta oraz gamma/delta. Geny kodujące łańcuchy alfa i delta receptora znajdują się u człowieka na chromosomie 14q11, zaś geny kodujące łańcuch beta na chromosomie 7q34, a gamma na chromosomie 7p15. Wykrycie w chorobach limfoproliferacyjnych klonalnej rearanżacji genów kodujących wspomniane łańcuchy potwierdza rozpoznanie choroby oraz pozwala na zastosowanie tego badania w monitorowaniu leczenia.
MYCN (2p24/SE2)
Amplifikacja protoonkogenu MYCN jest jednym z głównych czynników stratyfikujących chorych ze zwojakiem zarodkowym do grupy wysokiego ryzyka i ma bardzo złe znaczenie rokownicze. Sonda wykorzystywana w technice FISH może być zastosowana na preparacie guza oraz szpiku kostnego.
ALK (2p23)
Sonda typu ALK Break Apart umożliwia w technice FISH wykrycie rearanżacji genu ALK zlokalizowanego w locus 2p23. Rearanżacje i amplifikacje genu ALK stwierdzane sa między innymi w niedrobnokomórkowym raku płuc, chłoniakach i neuroblastoma. Badanie to jest dedykowane głównie dla chorych z niedrobnokomórkowym rakiem płuc w celu określenia wrażliwości komórek nowotworowych na leczenie celowane molekularnie (Crizotinib). Sonda wykorzystywana w technice FISH może być zastosowana na preparacie guza oraz szpiku kostnego.
CHd5 (1p36)/SE1 (1qh)
Guzy neuroblastoma często charakteryzują się delecją regionu 1p36 na chromosomie pary 1, co wiąże się z niekorzystnym rokowaniem. Sonda wykrywa delecję genu CHd5 (wcześniej SRD) w regionie 1p36 i równocześnie wskazuje centromer chromosomu pary 1.ERBB2 (17q12/SE17)
Sonda Her-2/neu wykrywa liczbę kopii genu (ERBB2) Her-2/neu w regionie 17q12. Nadekspresja genu Her-2/neu jest obserwowana w około 20% przypadków inwazyjnego raka piersi. Amplifikacja genu Her-2/neu, który koduje receptor kinazy tyrozynowej, wiąże się ze złym rokowaniem dla pacjenta. Zwiększona liczna kopii genu HER-2/neu występuje również w nowotworach płuc, prostaty, jelita grubego i jajników.
ROS1 (6q22)
Gen ROS1 znajduje się na chromosomie 6q22 i koduje białko pełniące funkcję receptora dla kinazy tyrozynowej. Rearanżacja genu ROS1 występuje u około 2% pacjentów chorujących na niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC - non-small cell lung cancer), obecna jest też u chorych z glejakiem wielopostaciowym i mięsakami. Wykrycie w tkance guza rearanżacji genu ROS1, podobnie jak w przypadku rearanżacji genu ALK, daje możliwość zastosowania terapii celowanej crizotinibem. Sonda wykorzystywana w technice FISH może być zastosowana na preparacie guza i pozwala na wykrycie rearanżacji z udziałem genu ROS1.